差异表达分析

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

John Blischak

Instructor

差异表达分析的目标是什么？

• 识别与目标表型相关的基因
• 例子：
  • 对药物等刺激的反应
  • 发育过程中的变化
  • 基因突变的效应

为何进行差异表达？

• 新发现

  • 是否有更多值得关注的基因？

• 语境

  • 某基因的测量是独特还是常见？

• 系统层面

  • 哪些生物通路重要？

完成一次实验的诸多步骤

• 设计研究
• 实施实验
• 收集数据
• 预处理数据
• 探索数据
• 检验数据
• 解释结果
• 分享结果

注意事项

• 测量是相对的，而非绝对

• 统计方法无法挽救拙劣的研究设计

让我们来练习！

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析