预处理数据

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析

John Blischak

Instructor

多柔比星致心脏毒性的机制

2x2 设计研究多柔比星机制：
- 2 个基因型：野生型（wt），Top2b 缺失（top2b）
- 2 种处理：PBS（pbs），多柔比星（dox）
- Zhang 等，2012

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

在 R 中使用 limma 进行差异表达分析