差异结合简介

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

比较样本

  • 两组样本：原发性与耐药性肿瘤。

我们想回答的问题：

  • 同组样本是否整体相似？
  • 异组样本是否不同？
  • 有哪些差异？
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

ChIP-seq 数据的 PCA 图

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

层次聚类

计算样本间距离

distance <- dist(t(coverage))

创建树状图

dendro <- hclust(distance)

绘制树状图

plot(dendro)
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

热图

基于峰的覆盖度绘制热图

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

让我们练习吧！

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

Preparing Video For Download...