什么是 ChIP-seq？

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

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数据

  • 前列腺癌患者
    • 5 个原发肿瘤样本
    • 3 个耐药样本
  • 针对雄激素受体的 ChIP
  • AR 通过与睾酮结合被激活
  • 激活的 AR 调控靶基因的表达
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

在 R 中访问 ChIP-seq 数据

  • 加载 BAM 文件
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • 获取读段坐标
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • 计算覆盖度
coverage(reads)
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

访问峰调用结果

  • 加载 BED 文件
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • 获取峰坐标
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • 提取峰分数
score(peaks)
在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

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