ChIP-seq 回顾

在 R 中使用 Bioconductor 进行 ChIP-seq 分析

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

回顾：导入数据

加载峰位调用

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

创建 BamViews 对象

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

加载 reads

reads <- readGAlignments(bam_views)
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回顾：可视化 ChIP-seq 数据

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回顾：差异结合

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回顾：富集分析

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做得好！

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