Vizualizări avansate

Analiza imaginilor biomedicale în Python

Stephen Bailey

Instructor

Pentru date N-dimensionale, folosiți secțiuni!

pâine-întreagă

pâine-feliată

Afișarea mai multor imagini simultan

plt.subplots: creează o suprafață de figură cu mai multe obiecte AxesSubplots.

Grafic-al-suprafeței-de-figură

import imageio.v2 as imageio
vol = imageio.volread('chest-data', format='DICOM')
fig, axes = plt.subplots(nrows=1,
                         ncols=3)

axes[0].imshow(vol[0],cmap='gray')

axes[1].imshow(vol[10],cmap='gray')
axes[2].imshow(vol[20],cmap='gray')

for ax in axes:
    ax.axis('off')

plt.show()

Afișarea mai multor imagini simultan

subgrafic-set de imagini secvențiale ale volumului toracic

Vederi nestandard

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
      'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

$$Axial$$

vederi-axiale

Vederi nestandard

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
     'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

view_0v2 = vol[:, row, :]

$$Coronal$$

vederi-coronale

Vederi nestandard

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
     'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

view_0v2 = vol[:, row, :]

view_0v1 = vol[:, :, col]

$$Sagittal$$

vederi-sagitale

Modificarea raportului de aspect

Pixelii pot avea orice raport de aspect:

raporturi-de-aspect

im = vol[:,:,100]
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
d0, d1, d2

(2, 0.5, 0.5)

asp = d0 / d1
asp

plt.imshow(im, cmap='gray',
           aspect=asp)
plt.show()

Modificarea raportului de aspect

secțiune sagitală

Să exersăm!

Analiza imaginilor biomedicale în Python