Obiecte și etichete

Analiza imaginilor biomedicale în Python

Stephen Bailey

Instructor

Segmentarea împarte imaginea în părți

segmentare-celule

segmentare-creier

Baza de date cardiace Sunnybrook

Fracția de ejecție: proporția de sânge pompată din ventriculul stâng (VS) al inimii.

$ilustrație-fracție-de-ejecție$

Imagine cardiacă

Etichetarea componentelor imaginii

mască-cardiacă-2d

Etichetarea componentelor imaginii

import scipy.ndimage as ndi
im=imageio.imread('SCD4201-2d.dcm')
filt=ndi.gaussian_filter(im, 
                         sigma=2)
mask = filt > 150

labels, nlabels = ndi.label(mask)

nlabels

plt.imshow(labels, cmap='rainbow')
plt.axis('off')
plt.show()

celule-etichstate

Selectarea etichetelor

Selectați o singură etichetă din imagine:

np.where(labels == 1, im, 0)

O etichetă

Selectați mai multe etichete din imagine:

np.where(labels < 3, im, 0)

Două etichete

Extragerea obiectelor

Chenar de delimitare: intervalul de pixeli care încadrează complet un obiect
ndi.find_objects() returnează o listă de coordonate ale chenarelor

imagine-etichetată-cu-chenare

Extragerea obiectelor

labels, nlabels = ndi.label(mask)
boxes = ndi.find_objects(labels)

boxes[0]

(slice(116,139), slice(120, 141))

chenare-imagini-multiple

Să exersăm!

Analiza imaginilor biomedicale în Python