Măsurători în timp

Analiza imaginilor biomedicale în Python

Stephen Bailey

Instructor

Fracția de ejecție

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

bătăi ale inimii

Fracția de ejecție

Procedură

Segmentați ventriculul stâng
Pentru fiecare volum 3D din seria temporală, calculați volumul
Selectați minimul și maximul
Calculați fracția de ejecție

Calculați volumul pentru fiecare moment de timp

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

grafic serie temporală

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

Calculați fracția de ejecție

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

maxim și minim alăturat

Să exersăm!

Analiza imaginilor biomedicale în Python