Rolul S4 în Bioconductor

Introducere în Bioconductor în R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Pozitiv

CRAN, simplu, dar puternic
Flexibil și interactiv
Utilizează o funcție generică
Funcționalitatea depinde de primul argument
Exemplu: plot() și methods(plot)

Negativ

Validare slabă a tipurilor și convențiilor de denumire (punct sau nu?)
Moștenirea funcționează, dar depinde de intrare

S4

Pozitiv

Definiție formală a claselor
Reutilizabilitate în Bioconductor
Validare a tipurilor
Convenții de denumire

Exemplu: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Negativ

Structură mai complexă față de S3

Este S4 sau nu?

Verificați dacă un obiect este S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str pentru obiectele S4 începe cu Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

Definiția clasei S4

O clasă descrie o reprezentare

name
slots (metode/câmpuri)
contains (definiția moștenirii)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Rezumatul obiectului

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Să exersăm!

Introducere în Bioconductor în R