De ce ne interesează tiparele?

Introducere în Bioconductor în R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

tipare de secvențe

Introducere în Bioconductor în R

Ce putem identifica cu tipare?

  • Startul genei
  • Sfârșitul proteinei
  • Regiuni care activează sau silențiază expresia genică
  • Regiuni conservate între organisme
  • Variație genetică
Introducere în Bioconductor în R

Potrivirea tiparelor

  • Biostrings oferă funcții pentru potrivirea tiparelor

  • matchPattern(pattern, subject)

    • 1 șir față de 1 șir

  • vmatchPattern(pattern, subject)

    • 1 set de șiruri față de 1 șir
    • 1 șir față de un set de șiruri
Introducere în Bioconductor în R

Palindromuri

never odd or even

findPalindromes() # find palindromic regions in a single sequence
Introducere în Bioconductor în R

Biologie cunoscută

  • Codul genetic a fost descris pentru prima dată de Nirenberg în 1963 On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28

  • Modul în care translația poate diferi în funcție de cadrul de citire a fost descris pentru prima dată de Streisinger în 1966 Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

Introducere în Bioconductor în R
# Original dna sequence
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 possible reading frames, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 possible translations, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3
Introducere în Bioconductor în R

Regiuni conservate în virusul Zika

blocuri Zika Figură adaptată From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

Fapte

  • Virusul Zika are un genom cu catenă pozitivă
  • Trăiește în oameni, maimuțe și țânțari
  • Face parte din familia Flaviviridae și partajează 11 proteine conservate
Introducere în Bioconductor în R

Să exersăm identificarea tiparelor!

Introducere în Bioconductor în R

Preparing Video For Download...