Proiectul Bioconductor

Introducere în Bioconductor în R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Introducere în Bioconductor în R

Ce măsurăm și de ce?

  • Structură: elemente, regiuni, dimensiune, ordine, relații

structure-parts

  • Funcție: expresie, niveluri, reglare, fenotipuri

function

Introducere în Bioconductor în R

Cum se instalează pachetele Bioconductor?

  • Bioconductor are propriul depozitar și metodă de instalare a pachetelor
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Introducere în Bioconductor în R

Versiunea Bioconductor și versiunea pachetului

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version
version()
Introducere în Bioconductor în R

Verificarea versiunilor de pachete

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility
sessionInfo()
Introducere în Bioconductor în R

Actualizări de pachete

# Check for package updates
valid()
Introducere în Bioconductor în R

Să exersăm!

Introducere în Bioconductor în R

Preparing Video For Download...