DESeq2 model - contraste

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Flux de lucru DESeq2

Flux de lucru DESeq2 - contracție LFC

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru DESeq2

# Run analysis 
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul Binomial Negativ DESeq2

Model NB

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul Binomial Negativ DESeq2

Model NB2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Contraste DESeq2

results(wt_dds, alpha = 0.05)

rezultat contrast

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Contraste DESeq2

Sintaxa este:

results(dds, 
        contrast = c("condition_factor", "level_to_compare", 
        "base_level"), 
        alpha = 0.05)

wt_res <- results(dds_wt, 
            contrast = c("condition", "fibrosis", 
            "normal"), 
            alpha = 0.05)
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Contraste DESeq2

wt_res

rezultat contrast

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Contracție LFC în DESeq2

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))

Grafic MA - foldchange necontractat

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Contracție LFC

wt_res <- lfcShrink(dds_wt, 
            contrast=c("condition", "fibrosis", "normal"),
            res=wt_res)

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Contracție LFC

Grafic MA - foldchange contractat

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...