Modelul DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Modelul DESeq2

Teoria DE

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul DESeq2 - relația medie-varianță

# Syntax for apply()
apply(data, rows/columns, function_to_apply)

# Calculating mean for each gene (each row)
mean_counts <- apply(wt_rawcounts[, 1:3], 1, mean)

# Calculating variance for each gene (each row)
variance_counts <- apply(wt_rawcounts[, 1:3], 1, var)
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul DESeq2 - dispersie

Reprezentarea relației dintre medie și varianță: 

# Creating data frame with mean and variance for every gene
df <- data.frame(mean_counts, variance_counts)

ggplot(df) +
        geom_point(aes(x=mean_counts, y=variance_counts)) + 
        scale_y_log10() +
        scale_x_log10() +
        xlab("Mean counts per gene") +
        ylab("Variance per gene")
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul DESeq2 - dispersie

relația medie-varianță

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul DESeq2 - dispersie

$Var$: varianță

$\mu$: medie

$\alpha$: dispersie

Formula dispersiei: $Var = \mu + \alpha * \mu^{2}$

Relația dintre medie, varianță și dispersie:

$$\uparrow variance \Rightarrow \uparrow dispersion$$

$$\uparrow mean \Rightarrow \downarrow dispersion$$

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul DESeq2 - dispersie

# Plot dispersion estimates
plotDispEsts(dds_wt)

Grafic de dispersie

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Modelul DESeq2 - dispersie

grafice_dispersie_incorecte

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...