Prezentare generală a analizei DE

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Revizuirea setului de date/întrebării

fibrosis_experiment

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Prezentare generală a analizei DE

Flux de lucru DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru DESeq2 - model

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru DESeq2: Model

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

Obiect deseq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru DESeq2: Formula de design

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru DESeq2: Formula de design

example_metadata

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru DESeq2: Rulare

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

Obiect DESeq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...