Organizarea datelor pentru DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Date pentru DESeq2: ordinea eșantioanelor

Metadate meta_neordonate

Numărători brutenumărători_ordonate

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Date pentru DESeq2: ordinea eșantioanelor

rownames(wt_metadata)

 [1] "wt_normal3"  "smoc2_fibrosis2" "wt_fibrosis3"  "smoc2_fibrosis3" "smoc2_normal3"   "wt_normal1"     
 [7] "smoc2_normal4"  "wt_fibrosis2"  "wt_normal2"  "smoc2_normal1"  "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis4"
[13] "wt_fibrosis4"  "wt_fibrosis1" 

colnames(wt_rawcounts)

 [1] "wt_normal1"  "wt_normal2"  "wt_normal3"  "wt_fibrosis1"   "wt_fibrosis2"    "wt_fibrosis3"   
 [7] "wt_fibrosis4"  "smoc2_normal1"  "smoc2_normal3"  "smoc2_normal4"   "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis2"
[13] "smoc2_fibrosis3" "smoc2_fibrosis4"
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Date pentru DESeq2: ordinea eșantioanelor

all(rownames(wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

FALSE
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Potrivirea ordinii între vectori

Utilizarea funcției match():

match(vector1, vector2)

vector1: vector cu ordinea dorită

vector2: vector de reordonat

rezultat: indicii pentru rearanjarea vector2 în ordinea lui vector1

match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata)

6   9   1   14  8   3   13  10  5   7   11  2   4   12
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Reordonare folosind rezultatul match(): 

idx <- match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata))

reordered_wt_metadata <- wt_metadata[idx, ]

View(reordered_wt_metadata)

Metadate reordonate

RNA-Seq cu Bioconductor în R
all(rownames(reordered_wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

TRUE

Metadate reordonate

 

Numărători ordonate

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Crearea obiectului DESeq2

# Create DESeq object
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

obiect deseq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...