Normalizarea numărătorilor

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

flux de lucru - normalizare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Normalizarea numărătorilor

metode de normalizare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Normalizarea după adâncimea bibliotecii

metode de normalizare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

metode de normalizare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Efectul compoziției bibliotecii

compoziție ARN - normalizare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Normalizarea DESeq2

exemplu mediană a raporturilor

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Numărători normalizați: calcul

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

factori de mărime

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Numărători normalizați: extragere

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

numărători normalizați

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...