Analiza expresiei diferențiale

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza expresiei diferențiale: vignette DESeq2

vignette(DESeq2)

vignette DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

explorare vignette

RNA-Seq cu Bioconductor în R

flux de lucru DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Importul datelor pentru DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

numărători brute fibrosis wt

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Importul datelor pentru DESeq2: metadate

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

metadate fibrosis wt

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...