Rezumat analiză DE RNA-Seq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

flux de lucru

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Pregătire RNA-Seq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

QC

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru RNA-Seq: Controlul calității datelor brute

Contaminare secvență

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Aliniere

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru RNA-Seq: Aliniere

Aliniere2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Cuantificare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru RNA-Seq: Cuantificare

numărători

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux complet

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Pregătire pentru analiza DE: obiectul DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

date numărători

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...