Fluxul de lucru RNA-Seq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Fluxul de lucru RNA-Seq: Design experimental

  replicate biologice

  • Replicate tehnice: Variația tehnică este în general redusă, deci sunt inutile.

  • Replicate biologice: Esențiale pentru succesul analizelor de expresie diferențială. Cu cât sunt mai multe, cu atât mai bine — minim 3.

  • Efecte de lot: Evitați-le pe cât posibil și înregistrați toate variabilele experimentale.

RNA-Seq cu Bioconductor în R

flux de lucru

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Pregătire RNA-Seq

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Control calitate

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Fluxul de lucru RNA-Seq: Controlul calității

Calitatea secvențelor

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Aliniere

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Fluxul de lucru RNA-Seq: Aliniere

Aliniere la genom

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Cuantificare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Fluxul de lucru RNA-Seq: Matricea de numărare

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Matrice de numărare

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru complet

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Rezultate exemplu

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Flux de lucru complet

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Înapoi la dumneavoastră!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...