Analize de clustering nesupervizat

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Instructor

Flux de lucru DESeq2 - QC

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Clustering nesupervizat: transformare logaritmică

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq cu Bioconductor în R

exemplu hartă de căldură

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Clustering ierarhic cu hărți de corelație

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

matrice de corelație

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Clustering ierarhic cu hărți de corelație

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Clustering ierarhic cu hărți de corelație

hartă de căldură wildtype

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...