Analiza componentelor principale

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Exemplu ACP

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza componentelor principale (ACP): Teorie

ACP 2 eșantioane

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza componentelor principale (ACP): Teorie

pc2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza componentelor principale (ACP): Teorie

Influența CP

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza componentelor principale (ACP): Teorie

Influența ACP

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza componentelor principale (ACP): Teorie

Influența ACP

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5
RNA-Seq cu Bioconductor în R

Valori eșantioane ACP

RNA-Seq cu Bioconductor în R

exemplu ACP

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Analiza componentelor principale (ACP): Teorie

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

pca_DESeq2

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

RNA-Seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...