Inspectarea rezultatelor

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

John Blischak

Instructor

Inspectarea rezultatelor

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Histograme ale valorilor p

  • Funcția limma topTable

  • Specificați contrastul

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Grafic vulcan

  • Funcția limma volcanoplot

  • Axa x: modificarea log-fold în expresie între grupurile contrastante

  • Axa y: log-odds al expresiei diferențiale

  • Specificați contrastul, ex. coef = "dox_wt"

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Testarea îmbogățirii KEGG

  • Funcțiile limma kegga și topKEGG

  • Specificați contrastul, ex. coef = "dox_wt"

  • Specificați specia șoarece cu species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Să exersăm!

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Preparing Video For Download...