Date de expresie diferențială

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

John Blischak

Instructor

Datele experimentale

Studiu privind cancerul de sân
- Pachetul Bioconductor "breastCancerVDX"
- Publicat în Wang et al., 2005 și Minn et al., 2007
- 344 pacienți: 209 ER+, 135 ER-
Studiu privind leucemia limfocitară cronică (CLL)
- Pachetul Bioconductor "CLL"
- Dr. Sabina Chiaretti și Jerome Ritz
- 22 pacienți: 8 stabili, 14 progresivi

Date în R

Matricea de expresie (x)
Date despre caracteristici (f) - atribute ale caracteristicilor
Date fenotipice (p) - atribute ale eșantioanelor

Matricea de expresie

rânduri = caracteristici, coloane = eșantioane

class(x)

"matrix"

dim(x)

22283   344

x[1:5, 1:5]

              VDX_3     VDX_5     VDX_6
1007_s_at 11.965135 11.798593 11.777625
1053_at    7.895424  7.885696  7.949535
117_at     8.259272  7.052025  8.225930

Date despre caracteristici

rânduri = caracteristici, coloane = orice număr de atribute

class(f)

"data frame"

dim(f)

22283   3

f[1:3, ]

          symbol entrez   chrom
1007_s_at   DDR1    780  6p21.3
1053_at     RFC2   5982 7q11.23
117_at     HSPA6   3310    1q23

Date fenotipice

rânduri = eșantioane, coloane = orice număr de atribute

class(p)

"data frame"

dim(p)

344   3

# er = +/- for Estrogen Receptor
p[1:3, ]

      id age       er
VDX_3  3  36 negative
VDX_5  5  47 positive
VDX_6  6  44 negative

Vizualizarea expresiei genice cu un boxplot

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(x[1, ] ~ p[, "er"], main = f[1, "symbol"])

Să exersăm!

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R