Pre-procesarea datelor

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

John Blischak

Instructor

Mecanismul cardiotoxicității induse de doxorubicină

  • Design 2x2 pentru studiul mecanismului doxorubicinei:
    • 2 genotipuri: tip sălbatic (wt), Top2b nul (top2b)
    • 2 tratamente: PBS (pbs), doxorubicină (dox)
    • Zhang et al. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Inspecția caracteristicilor

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Etapele pre-procesării

  • Transformare logaritmică

  • Normalizare prin cuantile

  • Filtrare

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Verificare: Boxplot pentru Top2b

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Verificarea surselor de variație

  • Analiza componentelor principale

  • Funcția limma plotMDS

  • Câte clustere anticipați?

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Să exersăm!

Analiza expresiei diferențiale cu limma în R

Preparing Video For Download...