Vizualizări grafice în R cu ggplot2

R pentru utilizatorii de SAS

Melinda Higgins, PhD

Research Professor/Senior Biostatistician Emory University

Pachetul ggplot2

Logo hexsticker ggplot2

ggplot2 este un pachet grafic puternic pentru R
„GG" din ggplot provine de la „grammar of graphics" (gramatica graficelor)
ggplot2 construiește graficele prin straturi succesive
Unul sau mai multe obiecte geometrice se adaugă peste stratul de bază

Straturi - stratul de bază

# Create plot for x=sex and y=diameter
ggplot(data = abalone, aes(sex, diameter))

Definește stratul de bază cu ggplot()
Setează data = abalone
Setează aes la sex și diameter
Încă nu există obiecte grafice în plot
Axa x e pregătită pentru sex
Axa y e pregătită pentru diameter
grila este trasată

Mediu grafic ggplot2 fără boxplot încă

Straturi - adaugă geom boxplot

# Add boxplot geometric object or geom
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot()

Operatorul plus + adaugă un strat
Boxplot geom_boxplot() adăugat
Rezultatul e o serie de boxploturi
Diametre de abalone după sex
F femele, I juvenili și M masculi

Boxploturi ggplot2 adăugate

Straturi - adaugă o temă

# Add black white theme
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_boxplot() +
  theme_bw()

Adaugă stratul „theme" cu theme_bw()
Elimină fundalul gri
Desenează un chenar negru în jurul graficului

Boxplot ggplot2 cu temă alb-negru adăugată

Schimbă geom boxplot cu geom violin

# Change to geom_violin()
ggplot(data = abalone,
       aes(sex, diameter)) +
  geom_violin() +
  theme_bw()

geom_violin înlocuiește geom_boxplot
Creează o formă asemănătoare unei viori
Reflectă distribuția densității datelor
O schimbare simplă pentru o figură nouă

Grafic violin ggplot2

Histogramă pentru o singură variabilă

# Make histogram of shuckedWeight
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram()

Creează o histogramă pentru o singură variabilă
O variabilă = o singură estetică
Adaugă geom_histogram()
Setează aes() la shuckedWeight
Culorile implicite trebuie schimbate

Histogramă ggplot2 complet neagră

Adaugă culori la histogramă

# Make lines black and fill light blue
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue")

Schimbă parametrii grafici
Setează color pentru liniile barelor
Setează culoarea fill a barelor
Fiecare opțiune se setează în interiorul ()
Histograma arată mult mai bine

Histogramă ggplot2 cu bare albastre și contur negru

Adaugă titlu și etichete de axe la histogramă

# Add x, y axis labels and title
ggplot(abalone, aes(shuckedWeight)) +
  geom_histogram(color = "black",
                 fill = "lightblue") +
  xlab("Shucked Weight") +
  ylab("Frequency Counts") +
  ggtitle("Shucked Weights Histogram")

Adaugă etichete mai bune pentru axe și titlu
Folosește xlab() și ylab() pentru axe
Folosește ggtitle() pentru titlu
Figura e gata de publicat!

Histogramă ggplot2 cu etichete de axe și titlu adăugate

Creează un scatterplot

# Make scatterplot with geom_point()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point()

Un scatterplot aes are nevoie de două variabile
geom_point() adaugă punctele
Scatterplot cu greutatea cochiliei în funcție de inele

Scatterplot ggplot2 cu greutatea cochiliei în funcție de inele

Adaugă linie de trend la scatterplot

# Add smoothed fit line
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth()

Adaugă linia geom_smooth() la scatterplot
Include o zonă de încredere umbrită

Scatterplot ggplot2 cu linie de trend adăugată

Creează panouri după altă variabilă

# Add panels using facet_wrap()
ggplot(abalone,
       aes(rings, shellWeight)) +
  geom_point() +
  geom_smooth() +
  facet_wrap(vars(sex))

Adaugă încă un strat la scatterplot
Creează panouri pentru fiecare sex de abalone
Adaugă stratul facet_wrap()
vars(sex) definește variabila pentru panouri

Scatterplot ggplot2 cu 3 panouri pe sex

Restul cursului

Capitolul 1 se încheie cu o scurtă introducere în grafice
- bazele abilităților grafice ggplot2
- vizualizezi măsurătorile abalone după sex
Capitolul 2 predă abilități de prelucrare a datelor
- cureți setul de date abalone
Capitolul 3 predă metode de explorare a datelor
- statistici descriptive, corelații și teste de comparație
Capitolul 4 predă modelarea și prezentarea rezultatelor
- prezici vârsta abalonelor din măsurători
- explorezi modele pe sex

Hai să exersăm!

R pentru utilizatorii de SAS