Introducere în legarea diferențială

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Compararea eșantioanelor

  • Două grupuri de eșantioane: tumoră primară și rezistentă la tratament.

Întrebări la care dorim să răspundem:

  • Eșantioanele din același grup sunt în general similare?
  • Eșantioanele din grupuri diferite sunt diferite?
  • Care sunt acele diferențe?
ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Grafice PCA pentru date ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Grupare ierarhică

Calcularea distanței dintre eșantioane

distance <- dist(t(coverage))

Crearea dendogramei

dendro <- hclust(distance)

Afișarea dendogramei

plot(dendro)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Heatmap-uri

Crearea heatmap-ului din datele de acoperire pentru vârfuri

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...