Testarea legării diferențiale

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Compararea grupurilor de mostre ChIP-seq

  • Utilizați analiza statistică a numărătorilor de citiri pentru a identifica diferențe semnificative între grupuri.
  • Pachetul DiffBind oferă o interfață pentru instrumentele de analiză.
    • Utilizați DESeq2 sau edgeR.
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Crearea unui set comun de vârfuri

Numărarea citirilor în setul de vârfuri:

peak_counts <- dba.count(qc_output, summits=250)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Stabilirea unui contrast

Crearea unui contrast:

peak_counts <- dba.contrast(peak_counts, categories = DBA_CONDITION)

Alte categorii acceptate:

  • DBA_ID
  • DBA_TISSUE
  • DBA_FACTOR
  • DBA_TREATMENT
  • DBA_REPLICATE
  • DBA_CALLER
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Utilizarea controalelor

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Rularea analizei

bind_diff <- dba.analyze(peak_counts)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

O primă privire asupra rezultatelor

Grafic PCA pentru vârfuri cu legare diferențială

dba.plotPCA(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)

Hartă termică pentru vârfuri cu legare diferențială

dba.plotHeatmap(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...