Ce este ChIP-seq?

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Datele

  • Pacienți cu cancer de prostată
    • 5 probe tumorale primare
    • 3 probe rezistente la tratament
  • ChIP țintind Receptorul Androgenic
  • AR este activat prin legarea testosteronului
  • AR activat reglează expresia genică a genelor țintă
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Accesarea datelor ChIP-seq în R

  • Încărcarea fișierelor BAM
library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')
  • Obținerea coordonatelor de citire
seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)
  • Calcularea acoperirii
coverage(reads)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Accesarea apelurilor de peak-uri

  • Încărcarea fișierelor BED
library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')
  • Obținerea coordonatelor peak-urilor
chrom(peaks)
ranges(peaks)
  • Extragerea scorurilor peak-urilor
score(peaks)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...