Importul datelor

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Gestionarea citirilor de secvențe

  • De obicei stocate în fișiere de format Binary Sequence Alignment/Map (BAM).
  • Câmpurile unui înregistrări BAM:
    • Numele citirii: SRR1782620.7265769
    • Indicator binar: 0
    • Numele secvenței de referință și poziția alinierii: chr20 29803915
    • Calitatea mapării: 0
    • Șir CIGAR (rezumatul alinierii): 51M
    • Secvența de referință și poziția citirii pereche (neutilizate aici): 0 0
    • Secvența citirii: AATGAAATGGAA ...
    • Calitatea citirii (codificată ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Importul citirilor mapate în R

  • Utilizați pachetul Rsamtools pentru a interacționa cu fișierele BAM.
  • Rsamtools oferă funcții pentru indexarea, citirea, filtrarea și scrierea fișierelor BAM.

Utilizați readGAlignments pentru a importa citirile mapate.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

Returnează un obiect GAlignments.

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Importul regiunilor selectate

  • Utilizați BamViews pentru a defini regiunile de interes.
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • Apoi importați citirile ca de obicei.
reads <- readGAlignments(views)

Funcția BamViews acceptă mai multe fișiere BAM.

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Importul apelurilor de vârfuri

Utilizați import.bed pentru a încărca apelurile de vârfuri dintr-un fișier BED.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

Utilizați peaks pentru a defini vizualizări în fișierele BAM.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Să exersăm!

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...