Recapitulare ChIP-seq

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Recapitulare: Importul datelor

Încărcați peak calls

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Creați un obiect BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Încărcați citirile

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq cu Bioconductor în R

Recapitulare: Vizualizarea datelor ChIP-seq

ChIP-seq cu Bioconductor în R

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Recapitulare: Legarea diferențială

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Recapitulare: Analiza de îmbogățire

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Pași următori

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Felicitări!

ChIP-seq cu Bioconductor în R

Preparing Video For Download...