Как найти узкое место?

Эффективный код на R

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

Профилирование кода

Общая идея:

Запустить код
Каждые несколько миллисекунд фиксировать, что выполняется в данный момент
Rprof() входит в состав R и делает именно это
- Сложен в использовании
Используйте вместо него profvis

Набор данных IMDB

Из пакета ggplot2movies

data(movies, package = "ggplot2movies")
dim(movies)

58788    24

Датафрейм: около 60 000 строк и 24 столбцов
Каждая строка соответствует отдельному фильму

Braveheart

braveheart = movies[7288,]

Год	Длина	Рейтинг
1995	177	8.3

Пример: Braveheart

# Load data
data(movies,
     package = "ggplot2movies")
braveheart <- movies[7288,]
movies <- movies[movies$Action==1,]

plot(movies$year, movies$rating,
     xlab = "Year", ylab = "Rating")

# local regression line
model <- loess(rating ~ year,
               data = movies)
j <- order(movies$year)
lines(movies$year[j],
      model$fitted[j],
      col = "forestgreen")

points(braveheart$year,
       braveheart$rating,
       pch = 21,
       bg = "steelblue")

Profvis

RStudio имеет встроенную поддержку профилирования с помощью profvis
- Выделите код, который хотите профилировать
- Profile -> Profile Selected lines

Командная строка

library("profvis")

profvis({

data(movies, package = "ggplot2movies") # Load data
braveheart <- movies[7288,]
movies <- movies[movies$Action == 1,]
plot(movies$year, movies$rating, xlab = "Year", ylab="Rating")
model <- loess(rating ~ year, data = movies) # loess regression line
j <- order(movies$year)
lines(movies$year[j], model$fitted[j], col="forestgreen", lwd=2)
points(braveheart$year, braveheart$rating,
     pch = 21, bg = "steelblue", cex = 3)

})

Какая строка, по-вашему, выполняется медленнее всего?

Давайте потренируемся!

Эффективный код на R