Продвинутые методы построения графиков

Анализ биомедицинских изображений на Python

Stephen Bailey

Instructor

Визуализация N-мерных данных — нарежьте их на срезы!

буханка хлеба

нарезанный хлеб

Отображение нескольких изображений одновременно

plt.subplots: создаёт холст фигуры с несколькими объектами AxesSubplots.

График с холстом фигуры

import imageio.v2 as imageio
vol = imageio.volread('chest-data', format='DICOM')
fig, axes = plt.subplots(nrows=1,
                         ncols=3)

axes[0].imshow(vol[0],cmap='gray')

axes[1].imshow(vol[10],cmap='gray')
axes[2].imshow(vol[20],cmap='gray')

for ax in axes:
    ax.axis('off')

plt.show()

Отображение нескольких изображений одновременно

подграфики с последовательными срезами объёма грудной клетки

Нестандартные проекции

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
      'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

$$Аксиальный$$

виды-аксиальный

Нестандартные проекции

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
     'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

view_0v2 = vol[:, row, :]

$$Корональный$$

виды-корональный

Нестандартные проекции

import imageio.v2 as imageio

vol = imageio.volread(
     'chest-data', format='DICOM')

view_1v2 = vol[pln, :, :]
view_1v2 = vol[pln]

view_0v2 = vol[:, row, :]

view_0v1 = vol[:, :, col]

$$Сагиттальный$$

виды-сагиттальный

Изменение соотношения сторон

Пиксели могут иметь произвольное соотношение сторон:

соотношения сторон

im = vol[:,:,100]
d0, d1, d2 = vol.meta['sampling']
d0, d1, d2

(2, 0.5, 0.5)

asp = d0 / d1
asp

plt.imshow(im, cmap='gray',
           aspect=asp)
plt.show()

Изменение соотношения сторон

сагиттальный срез

Давайте потренируемся!

Анализ биомедицинских изображений на Python