Визуализация сетей

Введение в анализ сетей на Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Нерациональные и рациональные визуализации

Два представления больших графов. В обоих случаях структура графа хаотична, напоминает клубок нитей и плохо поддаётся интерпретации.

Введение в анализ сетей на Python

Визуализация сетей

  • Матричные графики
  • Дуговые графики
  • Circos-графики
Введение в анализ сетей на Python

Визуализация сетей

  • Матричные графики
  • Дуговые графики
  • Circos-графики
Введение в анализ сетей на Python

Матричный график

Матрица 3×3 со столбцами A, B, C и одноимёнными строками. Ячейки закрашены чёрным там, где соответствующие узлы графа соединены рёбрами. Рядом — граф с тремя узлами A, B и C: A соединён с B и C, но B и C между собой не соединены.

Введение в анализ сетей на Python

Матричный график

Та же матрица и граф, что раньше, но теперь диагональ матрицы закрашена серым.

Введение в анализ сетей на Python

Матричный график

Та же матрица и граф, но теперь ячейки (A, B) и (B, A) закрашены жёлтым. Ребро между узлами A и B в графе тоже выделено жёлтым.

Введение в анализ сетей на Python

Матричный график

Та же матрица и граф, но теперь ячейки (A, C) и (C, A) закрашены жёлтым. Ребро между узлами A и C в графе тоже выделено жёлтым.

Введение в анализ сетей на Python

Ориентированные матрицы

ch1-3.012.png

Введение в анализ сетей на Python

Визуализация сетей

  • Матричные графики
  • Дуговые графики
  • Circos-графики
Введение в анализ сетей на Python

Дуговой график

Два графа по три узла в каждом. В обоих узлы обозначены A, B и C, рёбра соединяют A с B и A с C. В первом графе узлы расположены в линию, рёбра — дуговые. Во втором узлы расположены на плоскости, рёбра — прямые.

Введение в анализ сетей на Python

Визуализация сетей

  • Матричные графики
  • Дуговые графики
  • Circos-графики
Введение в анализ сетей на Python

Circos-график

ch1-3.018.png

Введение в анализ сетей на Python

Circos-график

Два графа по шесть узлов. В левом узлы расположены по кругу, рёбра — дуговые. В правом узлы расположены произвольно, рёбра — прямые.

Введение в анализ сетей на Python

API nxviz

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()
Введение в анализ сетей на Python

Давайте потренируемся!

Введение в анализ сетей на Python

Preparing Video For Download...