Роль S4 в Bioconductor

Введение в Bioconductor на R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Плюсы

CRAN: просто и мощно
Гибкость и интерактивность
Использует обобщённую функцию
Поведение зависит от первого аргумента
Пример: plot() и methods(plot)

Минусы

Слабая проверка типов и соглашений об именовании (точка или нет?)
Наследование работает, но зависит от входных данных

S4

Плюсы

Формальное определение классов
Возможность повторного использования в Bioconductor
Проверка типов
Соглашения об именовании

Пример: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Минусы

Более сложная структура по сравнению с S3

S4 или нет?

Проверка: является ли объект S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str объектов S4 начинается с Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

Определение класса S4

Класс описывает представление

name
slots (методы/поля)
contains (определение наследования)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Сводка объекта

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Давайте потренируемся!

Введение в Bioconductor на R