Проект Bioconductor

Введение в Bioconductor на R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Введение в Bioconductor на R

Что и зачем мы измеряем?

  • Структура: элементы, регионы, размер, порядок, взаимосвязи

structure-parts

  • Функция: экспрессия, уровни, регуляция, фенотипы

function

Введение в Bioconductor на R

Как установить пакеты Bioconductor?

  • У Bioconductor есть собственный репозиторий и способ установки пакетов
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Введение в Bioconductor на R

Версия Bioconductor и версия пакета

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version version()
Введение в Bioconductor на R

Проверка версий пакетов

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility sessionInfo()
Введение в Bioconductor на R

Обновление пакетов

# Check for package updates
valid()
Введение в Bioconductor на R

Давайте потренируемся!

Введение в Bioconductor на R

Preparing Video For Download...