Введение в биологию геномных наборов данных

Введение в Bioconductor на R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Организмы царств живой природы

Компоненты ДНК

Элементы генома

Генетическая информация — алфавит ДНК
Набор хромосом (число сильно варьируется)
Гены (несут инструкции наследственности)
- кодирующие и некодирующие
Белки (отвечают за конкретные функции)
- ДНК → РНК (транскрипция)
- РНК → белок (трансляция)

Дрожжи

Одноклеточный микроорганизм
Гриб, который все любят ♥
Используется для брожения: пиво, хлеб, кефир, чайный гриб, биоремедиация и др.
Название: Saccharomyces cerevisiae или S. cerevisiae

Дрожжи

Пакет аннотаций BSgenome

# Load the package and store data into yeast
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# Other available genomes
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

Получение последовательностей

getSeq(): метод S4 для BSgenome

# Select entire genomic sequence
getSeq(yeast)


# Select sequence from chromosome M
getSeq(yeast, "chrM")


# Select first 10 base pairs
getSeq(yeast, end = 10)

Давайте потренируемся!

Введение в Bioconductor на R