Модель DESeq2 — контрасты

RNA-Seq с Bioconductor в R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Рабочий процесс DESeq2

Рабочий процесс DESeq2 — сжатие LFC

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2

# Run analysis 
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing
RNA-Seq с Bioconductor в R

Отрицательная биномиальная модель DESeq2

Модель NB

RNA-Seq с Bioconductor в R

Отрицательная биномиальная модель DESeq2

Модель NB 2

RNA-Seq с Bioconductor в R

Контрасты DESeq2

results(wt_dds, alpha = 0.05)

вывод контраста

RNA-Seq с Bioconductor в R

Контрасты DESeq2

Синтаксис:

results(dds, 
        contrast = c("condition_factor", "level_to_compare", 
        "base_level"), 
        alpha = 0.05)

wt_res <- results(dds_wt, 
            contrast = c("condition", "fibrosis", 
            "normal"), 
            alpha = 0.05)
RNA-Seq с Bioconductor в R

Контрасты DESeq2

wt_res

вывод контраста

RNA-Seq с Bioconductor в R

Сжатие LFC в DESeq2

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))

MA-график без сжатия кратности изменений

RNA-Seq с Bioconductor в R

Сжатие LFC

wt_res <- lfcShrink(dds_wt, 
            contrast=c("condition", "fibrosis", "normal"),
            res=wt_res)

plotMA(wt_res, ylim=c(-8,8))
RNA-Seq с Bioconductor в R

Сжатие LFC

MA-график со сжатием кратности изменений

RNA-Seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

RNA-Seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...