Обзор анализа дифференциальной экспрессии

RNA-Seq с Bioconductor в R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Обзор набора данных и задачи

Эксперимент по фиброзу

RNA-Seq с Bioconductor в R

Обзор анализа дифференциальной экспрессии

Рабочий процесс DESeq2

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2 — модель

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2: модель

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

Объект DESeq

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2: формула дизайна

Пример метаданных

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2: формула дизайна

Пример метаданных

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2: запуск

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

Объект DESeq

RNA-Seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

RNA-Seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...