Анализ дифференциальной экспрессии

RNA-Seq с Bioconductor в R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq с Bioconductor в R

Анализ дифференциальной экспрессии: виньетка DESeq2

vignette(DESeq2)

Виньетка DESeq2

RNA-Seq с Bioconductor в R

Изучение виньетки

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс DESeq2

RNA-Seq с Bioconductor в R

Загрузка данных для DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

Количество считываний fibrosis wt

RNA-Seq с Bioconductor в R

Загрузка данных для DESeq2: метаданные

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

Метаданные fibrosis wt

RNA-Seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

RNA-Seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...