Итоги дифференциальной экспрессии RNA-Seq

RNA-Seq с Bioconductor в R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

workflow

RNA-Seq с Bioconductor в R

RNA-Seq prep

RNA-Seq с Bioconductor в R

QC

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс RNA-Seq: Контроль качества исходных данных

Контаминация последовательностей

RNA-Seq с Bioconductor в R

Выравнивание

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс RNA-Seq: Выравнивание

Alignment2

RNA-Seq с Bioconductor в R

Quantitation

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс RNA-Seq: Количественный анализ

counts

RNA-Seq с Bioconductor в R

Full workflow

RNA-Seq с Bioconductor в R

Подготовка к анализу дифференциальной экспрессии: объект DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

counts data

RNA-Seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

RNA-Seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...