Рабочий процесс RNA-Seq

RNA-Seq с Bioconductor в R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Рабочий процесс RNA-Seq: планирование эксперимента

  биологические повторности

  • Технические повторности: Техническая вариабельность, как правило, мала, поэтому они не нужны.

  • Биологические повторности: Необходимое условие успешного анализа дифференциальной экспрессии. Чем больше повторностей, тем лучше — минимум 3.

  • Эффекты партии: Сводите к минимуму и фиксируйте все экспериментальные переменные.

RNA-Seq с Bioconductor в R

рабочий процесс

RNA-Seq с Bioconductor в R

подготовка RNA-Seq

RNA-Seq с Bioconductor в R

контроль качества

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс RNA-Seq: контроль качества

Качество секвенирования

RNA-Seq с Bioconductor в R

Выравнивание

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс RNA-Seq: выравнивание

Выравнивание на геном

RNA-Seq с Bioconductor в R

Квантификация

RNA-Seq с Bioconductor в R

Рабочий процесс RNA-Seq: матрица счётчиков

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Матрица счётчиков

RNA-Seq с Bioconductor в R

Полный рабочий процесс

RNA-Seq с Bioconductor в R

пример результатов

RNA-Seq с Bioconductor в R

Полный рабочий процесс

RNA-Seq с Bioconductor в R

Теперь ваша очередь!

RNA-Seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...