Неконтролируемый кластерный анализ

RNA-Seq с Bioconductor в R

Mary Piper

Instructor

Рабочий процесс DESeq2 — контроль качества

RNA-Seq с Bioconductor в R

Неконтролируемый кластерный анализ: логарифмическое преобразование

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq с Bioconductor в R

пример тепловой карты

RNA-Seq с Bioconductor в R

Иерархическая кластеризация и корреляционные тепловые карты

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

матрица корреляций

RNA-Seq с Bioconductor в R

Иерархическая кластеризация и корреляционные тепловые карты

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq с Bioconductor в R

Иерархическая кластеризация и корреляционные тепловые карты

тепловая карта дикого типа

RNA-Seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

RNA-Seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...