Анализ результатов

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

John Blischak

Instructor

Анализ результатов

# Create a Venn diagram
vennDiagram(results)

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Гистограммы p-значений

  • Функция limma topTable

  • Укажите контраст

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Вулканический график

  • Функция limma volcanoplot

  • Ось x: логарифм кратности изменения экспрессии между сравниваемыми группами

  • Ось y: логарифм шансов дифференциальной экспрессии

  • Укажите контраст, например coef = "dox_wt"

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Проверка обогащённости KEGG

  • Функции limma kegga и topKEGG

  • Укажите контраст, например coef = "dox_wt"

  • Укажите вид мыши с помощью species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Давайте потренируемся!

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Preparing Video For Download...