Анализ дифференциальной экспрессии

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

John Blischak

Instructor

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Какова цель анализа дифференциальной экспрессии?

  • Выявить гены, связанные с изучаемым фенотипом
  • Примеры:
    • Ответ на воздействие стимула, например лекарственного препарата
    • Изменения в ходе развития
    • Влияние генетической мутации
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Зачем нужен анализ дифференциальной экспрессии?

  • Новизна

    • Есть ли другие гены, представляющие интерес?

  • Контекст

    • Уникальны ли показатели для данного гена или они типичны?

  • Системы

    • Какие биологические пути наиболее важны?
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Этапы проведения эксперимента

  • Разработать дизайн исследования
  • Провести эксперимент
  • Собрать данные
  • Предобработать данные
  • Исследовать данные
  • Протестировать данные
  • Интерпретировать результаты
  • Опубликовать результаты
Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Важные оговорки

  • Измерения относительны, а не абсолютны

  • Статистические методы не исправят недостатки плохо спланированного исследования

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Давайте потренируемся!

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

Preparing Video For Download...