Предобработка данных

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R

John Blischak

Instructor

Механизм кардиотоксичности доксорубицина

Схема 2×2 для изучения механизма действия доксорубицина:
- 2 генотипа: дикий тип (wt), нокаут Top2b (top2b)
- 2 варианта воздействия: PBS (pbs), доксорубицин (dox)
- Zhang et al. 2012

dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")

Анализ дифференциальной экспрессии с помощью limma в R