Введение в дифференциальное связывание

ChIP-seq с Bioconductor в R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq с Bioconductor в R

Сравнение образцов

  • Две группы образцов: первичная опухоль и опухоль с устойчивостью к лечению.

Вопросы, на которые мы хотим ответить:

  • Похожи ли образцы внутри одной группы?
  • Различаются ли образцы из разных групп?
  • В чём заключаются эти различия?
ChIP-seq с Bioconductor в R

ChIP-seq с Bioconductor в R

ChIP-seq с Bioconductor в R

ChIP-seq с Bioconductor в R

ChIP-seq с Bioconductor в R

Графики PCA для данных ChIP-seq

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
ChIP-seq с Bioconductor в R

Иерархическая кластеризация

Вычислите расстояние между образцами

distance <- dist(t(coverage))

Постройте дендрограмму

dendro <- hclust(distance)

Отобразите дендрограмму

plot(dendro)
ChIP-seq с Bioconductor в R

Тепловые карты

Создайте тепловую карту по данным покрытия для пиков

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

ChIP-seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

ChIP-seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...