Оценка обогащения

ChIP-seq с Bioconductor в R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Расширение ридов

Загрузка данных:

reads <- readGAlignments(bam)
reads_gr <- granges(reads[[1]])

Получение средней длины фрагмента:

frag_length <- fragmentlength(qc_report)["GSM1598218"]

Расширение ридов и вычисление покрытия:

reads_ext <- resize(reads_gr, width=frag_length)
cover_ext <- coverage(reads_ext)

Покрытие пиков

Разбивка генома на бины по 200 п.н.

bins <- tileGenome(seqinfo(reads), tilewidth=200, 
                   cut.last.tile.in.chrom=TRUE)

Поиск всех бинов, перекрывающихся с пиками.

peak_bins_overlap <- findOverlaps(bins, peaks)
peak_bins <- bins[from(peak_bins_overlap), ]

Подсчёт ридов, перекрывающихся с каждым бином пика.

peak_bins$score <- countOverlaps(peak_bins, reads)

Функция бинного покрытия

count_bins <- function(reads, target, bins){
  # Find all bins overlapping peaks
  overlap <- from(findOverlaps(bins, target))
  target_bins <- bins[overlap, ]

  # Count the number of reads overlapping each peak bin
  target_bins$score <- countOverlaps(target_bins, reads)
  target_bins
}

Покрытие чёрного списка регионов

peak_bins <- count_bins(reads_ext, peaks, bins)
bl_bins <- count_bins(reads_ext, blacklist.hg19, bins)

Фоновое покрытие

Удаление уже учтённых бинов.

bkg_bins <- subset(bins, !bins %in% peak_bins & !bins %in% bl_bins)

Подсчёт ридов, перекрывающихся с каждым оставшимся бином.

bkg_bins$score <- countOverlaps(bkg_bins, reads_ext)

Давайте потренируемся!

ChIP-seq с Bioconductor в R