Что такое ChIP-seq?

ChIP-seq с Bioconductor в R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Данные

Пациенты с раком предстательной железы
- 5 образцов первичной опухоли
- 3 образца с устойчивостью к лечению
ChIP нацелен на рецептор андрогенов
Рецептор андрогенов активируется при связывании тестостерона
Активированный рецептор регулирует экспрессию целевых генов

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')

seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)

coverage(reads)

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')

chrom(peaks)
ranges(peaks)

score(peaks)

ChIP-seq с Bioconductor в R