Импорт данных

ChIP-seq с Bioconductor в R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq с Bioconductor в R

Работа с ридами последовательностей

  • Обычно хранятся в файлах формата Binary Sequence Alignment/Map (BAM).
  • Поля записи BAM:
    • Имя рида: SRR1782620.7265769
    • Двоичный флаг: 0
    • Имя референсной последовательности и позиция выравнивания: chr20 29803915
    • Качество картирования: 0
    • Строка CIGAR (сводка выравнивания): 51M
    • Референсная последовательность и позиция парного рида (здесь не используется): 0 0
    • Последовательность рида: AATGAAATGGAA ...
    • Качество рида (в кодировке ASCII): CCCFFFFFHHHH ...
ChIP-seq с Bioconductor в R

Импорт картированных ридов в R

  • Для работы с BAM-файлами используйте пакет Rsamtools.
  • Rsamtools предоставляет функции для индексирования, чтения, фильтрации и записи BAM-файлов.

Для импорта картированных ридов используйте readGAlignments.

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

Возвращает объект GAlignments.

ChIP-seq с Bioconductor в R

Импорт выбранных регионов

  • Используйте BamViews для определения интересующих регионов.
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • Затем импортируйте риды как обычно.
reads <- readGAlignments(views)

Функция BamViews поддерживает несколько BAM-файлов.

ChIP-seq с Bioconductor в R

Импорт пиковых вызовов

Используйте import.bed для загрузки пиков из BED-файла.

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

Используйте peaks для определения представлений BAM-файлов.

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
ChIP-seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

ChIP-seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...