Обзор ChIP-seq

ChIP-seq с Bioconductor в R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Обзор: импорт данных

Загрузка пиков

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

Создание объекта BamViews

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

Загрузка ридов

reads <- readGAlignments(bam_views)
ChIP-seq с Bioconductor в R

Обзор: визуализация данных ChIP-seq

ChIP-seq с Bioconductor в R

ChIP-seq с Bioconductor в R

Обзор: дифференциальное связывание

ChIP-seq с Bioconductor в R

Обзор: анализ обогащения

ChIP-seq с Bioconductor в R

Что дальше

ChIP-seq с Bioconductor в R

Отличная работа!

ChIP-seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...